Der Ortsname Samedan gehört zu den rätselhaftesten Dorfnamen, und so mancher Sprachforscher raufte sich ratlos die Haare auf der Suche nach einer schlüssigen Herleitung. Mehr oder minder einig sind sich die Fachleute, dass das «SUMM AD OENUM», das auf alten Siegeln zu entziffern ist als Grundlage aller Deutungen zu dienen hat. Aber ist es einfach nur ein falsch geschriebenes «SUM AD OENUM» (Ich bin am Inn)? Eher nicht. Dann vielleicht eine Ableitung von «Summo d’En», (der oberste am Inn) oder – damit verwandt – von «summum Oeni» (der oberste Teil des Inn)? Dementsprechend würde der Name Samedan nichts anderes bedeuten als das prosaische «(Das Dorf) zuoberst am Inn». Denn schliesslich heisst dieser Fluss erst ab der Samedner Talebene offiziell «Inn»; der junge Fluss von seiner Quelle an wird noch als «Sela» bezeichnet. Die grosse Bedeutung des Flusses für das Dorf ist auch im Gemeindewappen ersichtlich, das einen «in Schwarz goldener Flussgott mit goldenem Ruder und Wassergefäss» (laut Bündner Wappenbuch) zeigt.

Erstmals urkundlich erwähnt wird die Siedlung «Samadene» 1139, als die Bündner Besitzungen der Grafen von Gamertingen an den Bischof von Chur verkauft und daher dokumentiert wurden. Der erste Nachweis des heute als Kulturortes genutzten Wohnturms «La Tuor» stammt aus dem Jahr 1288. Die älteste Urkunde im Gemeindearchiv datiert auf den 5. Juli 1327.

Ursprünglich bildet Samedan mit den anderen Oberengadiner Talgemeinden eine territoriale Einheit (Marktgenossenschaft). Kirchlich ist eine der drei alten Grosspfarreien, die nebst Samedan selbst auch die Gemeinden Bever, Pontresina und Celerina umfasst. Schon zeichnet sich ab, dass Samedan sich als Hauptort der Region etablieren wird. Und tatsächlich: 1462 wird Samedan Sitz der niederen Gerichtsbarkeit und mausert sich auch als Hauptumschlagsplatz auf der Säumerroute von Tirano nach Schruns im Montafon rasch zum Dienstleistungszentrum des Oberengadins.

Als der Schwabenkrieg schwelt, brennt das Dorf 1499 ab, doch rappelt es sich bald wieder auf: Vor allem die Familien von Salis und von Planta gelangen zu erheblichem Reichtum, und noch heute prägen ihre prächtigen Bauten das Dorfbild. Der Dreissigjährige Krieg aber bringt erneut Unruhen ins Bündnerland, das sich als Zentrum der Passpolitik der beteiligten Grossmächte zum Kriegsschauplatz entwickelt.

Die Auswanderung nimmt immer grössere Ausmasse an: Bis weit in die Mitte des 18. Jahrhunderts leben viele Samedner Familien in den bekanntesten Städten Europas und gelangen – vor allem dank ihrer Zuckerbäckerkunst – zu Ruhm und Wohlstand. Das ersparte Geld der Auswanderer fliesst immer reichlicher zurück in ihre Heimat, so dass dort früher und stärker als anderswo im Tal Handel und Gewerbe boomt.

Mitte des 19. Jahrhunderts nimmt mit dem Bau des Hotel Bernina der Tourismus Einzug in Samedan, Bald wirbt das erste Restaurant auf Muottas Muragl um Gäste und 1893 wird mit der Eröffnung des Samedner Golfplatzes ein weiterer touristischer Meilenstein gesetzt. Um die medizinische Versorgung der immer grösser werdenden einheimischen Bevölkerung und Gästeschar kümmert sich seit 1895 das Kreisspital in Samedan.

Endgültig zum Dreh- und Angelpunkt wird Samedan durch seine Verkehrsinfrastruktur: Der Anschluss an die Bahnlinie der Rhätischen Bahn 1903 macht den Anfang, der Bau des Flugplatzes tritt 1934 hinzu und die zahlreichen Busverbindungen in alle Richtungen des Hochtals runden das Bild des Verkehrsknotenpunkts ab, der Samedan bis heute ist.